Музей состоит из трех залов, разделенных по эпохам: Зеленый зал (дореволюционный период строительства и становления Курско-Харьковско-Азовской дороги), Красный зал (советский период развития Южной железной дороги) и Синий зал (история развития во времена независимой Украины).